Sally recebe uma mensagem do pai. Ela identifica a localização dele no pântano escuro.

Sally é capturada e Robotnik cria um clone para rastrear Knothole, os combatentes da liberdade em casa.

Com a ajuda de seu tio robótico, Sonic e os outros tentam impedir o plano de Robotnik de usar um cristal gigante para substituir o suprimento de petróleo.

Sonic e os outros vão para o Templo Maga para encontrar os pergaminhos secretos.

Dr. Robotnik descobre o esconderijo do mago Lazar e rouba seu computador de feitiços. Agora, o Sonic deve devolver o computador.

Robotnik desafia Sonic para uma corrida contra seu piloto de corrida.

Quando Robotnik lança um orbe espião que descobrirá a localização de Knothole do Freedom Fighter, Sonic e Robot se lançam na esfera de espionagem em órbita a bordo de um foguete caseiro alimentado pelo mecanismo de reforço descartado de Robotnik que caiu na Grande Floresta. Uma vez na esfera fortemente protegida, Sonic e Robot devem encontrar os sensores de espionagem antes de localizar Knothole.

Antoine fica com ciúmes de Sonic e Sally juntos, então ele foge de um anel de poder para derrotar Robotnik e capturar o coração de Sally.

Sonic é assombrado por um vívido pesadelo que ele teve de Sally ser robotizada, e isso interfere em seus deveres como combatente da liberdade.

Enquanto esgueiram-se por Robotropolis, Sonic, Sally e Antoine encontram Griff, o líder do grupo de combatentes da liberdade de Lower Mobius.

Robotnik perturba severamente o ecossistema acima e abaixo da superfície, quando ele envia explosivas, as sondas Robotnik perfuram profundamente no solo em busca de lagos de petróleo. Depois de serem varridos para um mundo subterrâneo por um redemoinho, Sonic, Sally, Antoine e Robot descobrem uma criatura estranha que afirma ser o último de um povo que foi destruído por criaturas da superfície e culpa os Freedom Fighters por sua situação.

Tails faz amizade com um bebê Tarapod. Agora, os combatentes da liberdade devem proteger a família do Tarapod de Robotnik.

O Tails sempre idolatrava o Sonic. Agora ele começa uma missão com ele.