Em uma cidade rural da Europa, no século 18, vivem Tenma e Alone, dois garotos muito diferentes, mas que cultivam uma amizade muito grande. Em um dia, Alone é induzido a ir para uma montanha distante e lá ele encontra uma mulher chamada Pandora. Esse dia muda a vida e o destino de Tenma e de Alone.

Tenma está treinando para se tornar um cavaleiro quando, de repente, tem um encontro inesperado com a irmã de Alone: Sasha. Tenma fica sabendo que ela é a reencarnação da deusa Atena de sua época. Enquanto isso, Alone está em um lugar distante, pensando em seu amigo, mas, de repente, ele começa a se desesperar por algo que está acontecendo.

História da Guerra Santa que ocorreu no século 18, 250 anos antes da série original de Saint Seiya. Com ênfase na luta entre Tenma, um dos 88 deuses, Athena e Alone, a reencarnação do deus Hades.

Sasha, ao saber da morte de Tenma e do fato de seu irmão Alone ter se transformado em Hades, deixa a tristeza de lado e adota uma postura firme, digna da deusa Atena. Pelo outro lado, no local da batalha de instantes atrás, Yato carrega o corpo de Tenma quando é surpreendio pela guerreira de Jamiel chamada Yuzuriha. Ela leva Yato até Jamiel e lá Yato descobre com o velho sabio Hakurei que o corpo de Tenma ainda não padeceu totalmente no inferno.

Um dos três juízes do Mundo dos Mortos, o espectro Minos, se dirige para o Santuário. Minos utiliza cordas de marionetes invisíveis para derrubar os guerreiros de Atena, um após o outro. Dentro do Santuário, num jardim de rosas envenenadas aparece o Cavaleiro de Ouro de Peixes, Alfabica! O Espectro Niobe ataca Alfabica, mas o cavaleiro de ouro, utilizando o seu prórpio sangue venenoso, aniquila o espectro. Minos imediatamente assopra as rosas envenenadas de Alfabica para longe, acabando com o jardim.

Alfabica acaba gravemente ferido por causa do golpe de Minos. Embora ele lute com todas as foças, Minos se defende facilmente com suas asas. Alfabica é finalmente derrotado. Minos, em seguida se dirige para a aldeia perto do Santuário. Minos destrói tudo que vê pela frente, até encontrar a jovem amada por Alfabica. Então, de repente, rosas de sangue aparecem voando no local. As rosas foram lançadas por Alfabica, que neste momento está completamente coberto de sangue. Alfabica utilizou o último suspiro para derrotar Minos.

Tenma, Yato e Yuzuriha surgem pelo inferno. A guerreira de Jamiel explica que eles devem conseguir o fruto de uma árvore que está nos confins do Inferno, para selar as almas dos espectros de Hades. Entretanto, os cavaleiros não esperavam encontrar o Cérbero, o Cão do Inferno, na frente deles. Hades aparece para ameaçar e fazer um inusitado convite para Tenma de Pégaso. Por fim, surge Asmita de Virgem, um Cavaleiro de Ouro, que estranhamente se rebela contra Tenma.

Asmita ordena que o Cavaleiro de Pégaso leve 108 frutos da árvore para o Ancião de Jamiel. De volta ao Santuário, Asmita se encontra com Atena e se diz confiante com Tenma. A deusa, em seguida, se retira, já que está exausta por ter que manter uma barreira em todo o Santuário. Ainda no inferno, Yato enfrenta mais um espectro, enquanto Tenma desperta Jamiel. Asmita finalmente aparece em Jamiel, oferece um pouco do seu sangue para renovar a Armadura de Pégaso, para depois queimar seu cosmo até a morte e criar um rosário com 108 frutos, artefato que possibilitará selar as almas dos espectros.

O Cavaleiro de Ouro Aldebaran de Touro surge e avisa que Minos está morto e em seguida elimina os espectros mais uma vez. Em outro local, Aldebaran é surpreendido pelo espectro Kagaho de Benu, que desafia o Touro. No Santuário, os discípulos de Aldebaran, Salo, Selinsa e Teneo, se preocupam com o cavaleiro e se referem a ele com o nome de Hasgard. Na batalha Kagaho e o Aldebaran lutam furiosamente, sendo que ninguém consegue levar vantagem sobre o outro.

Dohko, enfurecido com a grave situação em que Aldebaran se encontra, ataca Kagaho. O espectro então explica que o Cavaleiro de Touro está condenado e que as chamas que consomem o cavaleiro só se extinguirão quando ele virar cinzas. De repente, Aldebaran desperta e mostra um poder de luta e recuperação fora do normal. Salom, Selinsa e Teneo chegam ao local e tentam dar forças ao seu mestre. Tal fato afeta Kagaho, que acaba lembrando do seu irmão. Aldebaran se aproveita deste momento e dispara o seu golpe secreto.

Tenma desafia Hades, porém o Cavaleiro de Pégaso vira uma presa fácil para o deus. O Grande Mestre surge e interrompe a luta, selando o poder do deus com seu golpe. Hades reconhece o Mestre e revela que ele já foi um Cavaleiro de Ouro de Câncer. Atena e o Grande Mestre agora pretendem selar a alma de Hades, porém Pandora surge em uma carruagem puxada por cavalos sem cabeça e guiada por Chesire. A vilã desafia Atena, porém Hades resolve partir, ordenando a retirada de Pandora também.

Tenma está pensativo, três dias se passaram desde o ataque de Hades. Dohko pede para que o seu discípulo o ajude na reconstrução do Santuário. Teneo, um dos discípulos de Aldebaran, surge e pede ajuda dos dois também. No castelo de Hades, Pandora está preocupada com as atitudes de seu mestre quando é surpreendida pela aparição dos deuses gêmeos Thanatos e Hypnos, que ordenam a ida de Hades para um atelie especial para terminar o Lost Canvas, sem ser perturbado, e também mandam a vilã acabar com as preocupações do deus do inferno.

Tenma está no Santuário e se sente culpado por Aldebaran ter morrido. O Cavaleiro de Pégaso resolve fugir. Dohko e Shion imediatamente vão em sua procura. No cemitério do Santuário, Teneo se despede de seu mestre, mas é surpreendido pela chegada de Selinsa, que está sem máscara. Ela conta que desistirá de ser uma amazona e que espera que o Teneo substitua o Cavaleiro de Touro a altura e tome para si o título de Aldebaran. Isso é visto de longe por Tenma, que ao sair é surpreendido por Manigold de Câncer.