Este filme é uma atualização do conto clássico de Frances Hodgson Burnett, cuja protagonista, a adolescente órfã Mary Lennox, descobre a maravilha, a magia e o mistério do jardim secreto. Mary conhece muitos personagens deliciosos, incluindo Martha Sowerby, que é leal a Mary quando chega à fábrica de Archibald Craven. Há uma tragédia associada à fábrica: a esposa de Craven, Lily, morreu alguns anos atrás, e Craven permite que algumas das caldeiras sejam acesas, deixando a fábrica fria. Sua esposa adorava isso quando estava viva e trabalhou em criações maravilhosas e mágicas em seu "jardim secreto". Em pouco tempo, Mary explora a fábrica e fica intrigada quando se depara com o jardim secreto. Ela está convencida de que há muito mais no jardim do que aparenta. E mais de uma vez ela se pergunta se está simplesmente olhando fixamente para paredes e canos velhos, ou vê algo mais?