Faragonda mostra à Roxy e às Winx o Parque Natural de Alfea, o qual ela criou para receber as últimas espécies de Animais Encantados da Dimensão Mágica. Essas espécies de animais agora estão livres para viver longe de predadores, graças a uma barreira mágica que só pode ser cruzada por quem possui poderes de fadas mas... inesperadamente, uma ave de rapina entra no parque. As Winx não conseguem fazer nada e, embora transformadas, não conseguem impedir a ave de levar o último espécime de cavoupeira.

Faragonda está preocupada: como cada Animal Encantado tem um talento especial, elas precisam resolver o mistério do cavoupeira. As Winx e Roxy recebem da Diretora as Pedras das Lembranças para viajarem de volta no tempo: só desta forma, elas poderão salvar os cavoupeiras da extinção e descobrir o segredo que eles guardam. As meninas descobrem que em Alfea do passado, os Animais Encantados e as fadas costumavam viver em contato uns com os outros. Então, as Winx conhecem a jovem Faragonda, cujo cavoupeiras fugiu. Elas, então, decidem ajudar Faragonda a achar o animal e continuar com sua missão.

Em Alfea do passado, Kalshara, uma fada com más intenções, consegue ter acesso a uma antiga sala da Escola. Cruzando uma fonte de Magia Selvagem, ela se torna uma criatura mutante, o primeiro passo para obter o Poder Supremo dos Animais Encantados. Todos os Animais Encantados, assustados pela fonte natural ter sido violada, fogem de Alfea. Graças a Faragonda, as Winx e Roxy chegam ao Vale das Frutas, ondeelas salvam a espécie dos cavoupeiras do ataque de Kalshara e seu irmão Brafilius, que querem prender os pequenos animais para alcançar sua meta.

De volta ao presente, as Winx organizam a inauguração do Paque Natural de Alfea, onde agora há muitos cavoupeiras, salvos pelas Winx no passado. Os cavoupeiras escondem um misterioso enigma: para obter o Poder Supremo dos Animais Encantados, elas precisam achar o animal com a primeira cor do universo mágico. Com a ajuda de seus namorados, as Winx começam sua busca no parque, mas ao mesmo tempo, Brafilius dificulta as coisas para as fadas. Afastando-se temporariamente do grupo, Roxy leva um susto com Brafilius, que pega sua Pedra das Lembranças.

Brafilius está nas nuvens: agora ele pode não somente usar a pedra que pegou da Roxy para voltar no tempo, como também sabe como achar o Animal com a primeira cor, graças à informação que a fada lhe deu sem querer. As pedras das lembranças das Winx se acendem, indicando que a pedra de Roxy foi ativada. Usando suas pedras, as seis fadas se teletransportam para a pré-história de Magix, em busca do Animal com a Primeira Cor. Seguindo as orientações da Fadas dos Animais, as Winx encontram Squonk, um animal que se liga magicamente com Aisha.

Roxy chama as Winx em seu quarto em Alfea porque ela sabe que a espécie dos magilobos está em perigo em Lynphea. As fadas vão para o mundo nativo de Flora e conhecem seus pais, que estão curando dois magilobos. Os animais levam as Winx ao coração da floresta, à beira de um lugar que foi infestado por um fungo mutante. Felizmente, Flora possui um antídoto natural que seu pai lhe deu. Mas antes que Flora possa usá-lo, as Winx são atacadas de surpresa pelo fungo, que as prende e cancela seus poderes mágicos.

Antes que seja tarde, Miele vai ajudar as fadas, usando o antidote para substituir o fungo por lindas orquídeas mágicas. As Winx agradecem à irmã de Flora, mas agora elas não possuem mais o antidote para deter a ameaça do fungo.

Após algumas tentativas para fazer Squonk e Amarok se tornarem amigos, as Winx usam suas Pedras das Lembranças para viajarem de volta à Itália Medieval, onde uma espécie muito especial de animal, chamadas Plumagato, costumava viver. Esta espécie de Animal encantado poderia interessar Brafilius, então as Winx, para saírem na frente, querem achar o animal antes dele. No entanto, elas encontram um grupo de menestreis que, em troca de ajuda, pedem um favor às fadas: que elas façam papéis de fadas em uma peça.

Infelizmente a peça provoca uma confusão na aldeia medieval, porque Brafilius usa sua magia para assustar todo mundo e depois deixa que as Winx levem a culpa. Os guardas querem mandar as fadas para a cadeia, mas Orlando, o menestrel que sabe como atrair o plumagato, ajuda as Winx a escaparem sem levantar qualquer suspeita. Tocando seu alaúde, Orlando atrai para si Critty, e também Brafilius, que quer pegar o animal. Graças ao poder Butterflix de Musa, o animal é salvo e cria uma ligação mágica com a Fada da Música.

Brafilius não conseguiu pegar o Plumagato e nem descobrir se o animal possui o poder supremo. Kalshara vai para Alfea sozinha e captura Critty. As Winx descobrem tarde demais sobre a captura e seguem Kalshara guiadas pala telepatia entre Musa e o Plumagato. Quando chegam ao esconderijo, elas caem na armadilha de Kalshara. Todos os Animais Encantados estão sob feitiço do Brafilius e cercam as Winx de forma ameaçadora. Entre os animais, há também a exibida ave Shiny que, graças à ligação mágica com Stella, quebra o feitiço e, juntas, elas expulsam Kalshara e Brafilius.

Roxy pede ajuda do Winx: na Terra, tigres de Sumatra estão em perigo devido a caçadores furtivos que mudam de forma, contaminados por uma fonte de Magia Selvagem.

Em Alfea, Shiny e Amarok danificam uma das esferas tecnomágicas de Roxy. Tecna sugere que as Winx visitem os pais dela em Zenith para consertar.

As Winx estão no Parque de Resgate de Animais de Roxy para ajudá-la, quando recebem um sinal de emergência da China: os pandas estão em perigo. As Winx vão para as Montanhas Qinling e conhecem Mei-Li, uma garota que escolheu viver na floresta com os pandas. Mei-Li junta-se às fadas para cumprir a missão. As Winx conseguem salvar os pandas de uma criatura mutante, que na verdade é um unicórnio. Graças à ligação mágica, Bloom consegue quebrar o feitiço e fazer o animal, chamado Elas, voltar ao normal.

Depois de encontrarem a harmonia mágica entre eles, os seis animais encantados das Winx descobrem que são os guardiões do Poder Supremo e dão às fadas as pulseiras Tynix, graças às quais serão capazes de explorar os Minimundos. Em Pyros, Kalshara atacou os Draganos, achando que eles possuem o Poder Supremo. Kalshara cria o Vampiro do Fogo, absorvendo o fogo mágico desse mundo e deixando os Draganos em situação difícil.

Os Draganos estão cada vez mais fracos em função do fogo de Pyros ter sido absorvido pelo Vampiro do Fogo. Kalshara poderia trazê-lo de volta, mas ela exige ser solta em troca. As Winx não acreditam nela, então se transformam em Fadas Tynix e, com seus Animais Encantados, entram no Minimundo das Pedras Preciosas, com o objetivo de trazer o fogo de volta para Pyros. As fadas alcançam a meta graças à Bloom e o feitiço especial de Elas que derrota o Vampiro do Fogo.

Uma tranquila viagem à Baía Paraíso entre as Winx e os Especialistas se transforma em uma nova missão a cumprir: Roxy alerta as Winx de que todo o ecossistema está em perigo por um motive desconhecido, então as meninas e os rapazes trabalham duro para resolver o mistério. Após perceber que a seca está fazendo todas as plantas murcharem, as Winx se transformam em fadas Tynix e entram no Minimundo das folhas.

Chloe explica às Winx que a Baía Paraíso era mantida viva graças à linfa do minimundo das folhas e a água do Minimundo das gotas… até Brandon (ao dar um presente à Stella) arrancar as Jóias de Luz, flores mágicas que garantiam o equilíbrio do ecossistema. Para consertar isso, as Winx precisam plantar novas Jóias de Luz, viajando até os Berços Aquáticos, onde cada uma terá que plantar uma semente mágica.

Enquanto as Winx levam um grupo de lêmures de volta ao seu hábitat natural, um ataque repentino de Kalshara e Brafilius transforma todas as bananas em monstros, as quais atacam os macacos e os Especialistas. As Winx decidem usar suas Pedras das Lembranças para voltar ao passado e pegar um espécime de banana, pois somente desta forma Flora poderá fazer novas bananeiras crescerem no presente para o habitat dos lêmures.

Enquanto um importante baile está acontecendo no Castelo de Domino, Kalshara e Brafilius estão nas ruínas de Graynor para capturar a Criatura dos Cabelos de Arco-íris, para poder absorver seu poder mágico. No entanto, o golpe de Kalshara falha, desencadeando o caos entre a Magia Selvagem e a Magia das Fadas, deixando as cores do grande Arco-íris de Magix misturadas umas com as outras.

Kalshara e Brafilius acham que o animal com o Poder Supremo é um dos animais encantados ligados às Winx. Após montar uma armadilha para as seis fadas, Brafilius lança um feitiço de reversão de tempo em suas Pedras das Lembranças, fazendo as Winx se transformarem em crianças. Quando os especialistas as confundem com pequenas turistas do Parque de Resgate Animal, Kalshara captura facilmente os animais encantados, menos o unicórnio de Bloom. Apesar de serem apenas crianças, elas conseguem expulsar Brafilius com sua magia, criando um divertido show de circo.

Enquanto um importante baile está acontecendo no Castelo de Domino, Kalshara e Brafilius estão nas ruínas de Graynor para capturar a Criatura dos Cabelos de Arco-íris, para poder absorver seu poder mágico. No entanto, o golpe de Kalshara falha, desencadeando o caos entre a Magia Selvagem e a Magia das Fadas, deixando as cores do grande Arco-íris de Magix misturadas umas com as outras. Alertada por Roxy, as Winx e seus Animais Encantados entram no minimundo do Arco-íris: Musa e Critty conseguem restaurar o equilíbrio daquele lugar mágico, graças a sensibilidade mágica especial delas.

O Cavoupeira que as Winx mostraram à Faragonda diz ser ligado à diretora de Alfea, mas Farangonda tem vagas lembranças dele. Bloom explica que isso pode ser pelo fato da antiga diretora, Mavilla, ter cancelado todas as lembranças das fadas de Afea sobre os Animais Encantados. Enquanto falam, Bloom tem uma intuição: ela percebe que o animal com a primeira cor do universo é a pequena estátua representando um Cavoupeira que Faragonda possui há muito tempo.

Os Animais Encantados chegam para salvar Flora e as Winx, surgindo magicamente no Minimundo dos Diamantes. Para as Winx, não há tempo a perder, porque, enquanto isso, o Diamante do Poder supremo saiu do Minimundo, em busca de um guardião. E ele foi pego por Kalshara primeiro e depois por Brafilius, que o absorveu, invocando os animais mágicos mais poderosos de todas as dimensões. Ao fazer isso, ele também liberta as Trix, que logo transformam Brafilius em um cachorrinho e obrigam Kalshara a fugir.

Enquanto do lado de fora de Alfea, a luta entre as Trix e as fadas de Alfea continua, as Winx usam suas Pedras das Lembranças para voltar à Alfea do passado. As Winx encontram Mavilla e a jovem Faragonda e pedem a ajuda delas para achar a Borboleta dourada, o único animal capaz de devolver a luz e a energia para o Coração de Alfea. Graças ao poder tynix, as Winx entram no Minimundo das Flores e se deparam com as Trix, montadas em seus animais mágicos. Agora, com o Poder Supremo nas mãos, elas podem viajar para qualquer lugar ligado aos Animais Encantados.

No minimundo das Flores, Bloom é salva no ultimo momento por Elas, cujo chifre se torna dourado por seu ato de bravura. A Borboleta Dourada voa no ar espalhando pó de fada por todo o minimundo, obrigando as Trix a fugirem. As Winx voltam ao presente para assistir a vitória de Alfea sobre as Trix, graças ao poder da Borboleta Dourada, que fortaleceu o coração mágico da escola. Fadas e Especialistas estão comemorando em Alfea, mas o clima tranquilo é quebrado pela chegada inesperada de Kalshara, que propõe um acordo às Winx.

Kalshara quer salvar Brafillius, que está nas mãos das Trix, enquanto as Winx querem levar o Poder Supremo para um local seguro e, portanto, elas se aliam temporariamente contra as bruxas: a fada mutante leva as seis fadas e seus animais ao mundo subterrâneo de Magix, seguindo o rastro mágico do irmão dela. As Trix atravessam uma fonte de Magia Selvagem e se mesclam com seus animais, tornando-se ponderosas bruxas mutantes.