Jeremy e Aelita, usando os dados que foram enviados através da rede por Franz Hopper, conseguem reconstruir parte de Lyoko: Setor 5. Parece que as coisas mudaram para melhor: o verdadeiro William reaparece em Kadic, aparentemente ileso. O seu regresso inesperado não chega tão cedo, porque Sissi – que assumiu à força o controlo editorial do “Kadic Herald” – demonstrou um grande interesse em saber mais sobre ele. Mas William, agora claramente ainda sob o controlo de Xana, rapta Aelita e foge com ela para Lyoko…

Jeremy cria um espectro polimórfico de si mesmo para ir para a aula de educação física e trabalhar sem distrações para trazer William de volta de Lyoko. O dublê de Jeremy acaba sendo muito mais atlético do que o original, para grande surpresa de Jim. Mas XANA assume o controle da torre que Jeremy usou para conjurar seu clone, e o impostor agora representa uma séria ameaça aos nossos heróis. Uma batalha começa no Lyoko, agora totalmente reconstruído, com equipamentos novos e atualizados para os Guerreiros Lyoko…

Toda a Academia Kadic está agitada: o baterista do famoso grupo de rock “The Subdigitals” – que por acaso é sobrinho de um dos professores – está visitando a escola. Na verdade, ele está lá para fazer audições como parte de uma operação promocional para descobrir jovens talentos musicais – o vencedor fará o show de abertura do próximo show dos Subdigitals. Aelita, percebendo os seus dons como DJ, adoraria ter a oportunidade de fazer uma audição, mas não conta com as incessantes intenções de Xana de a raptar…

É inaugurada uma sala de recreação para os alunos da academia. O dublê de William, criado por Jeremy para substituir o prisioneiro Lyoko, é eleito gerente estudantil. Infelizmente, esta versão de William tem uma grande falha: ele é absolutamente maluco. Com a estupidez errática do clone atraindo atenção indesejada, Jeremy executa urgentemente um programa para tentar recuperar a verdadeira juventude de Lyoko. Mas um bug atrapalha o programa e Xana assume o controle da torre que controla o clone de William…

Jeremy e Aelita estão a poucos centímetros de criar uma nave virtual capaz de levar os Guerreiros Lyoko às profundezas da World Wide Web. Mas o seu sucesso depende de acompanhar de perto todos os aspectos do progresso do programa, que terminará na tarde seguinte. Infelizmente, o azar acontece quando os dois estudantes são encontrados trabalhando juntos até altas horas da noite na mesma sala – contra as regras da academia. Os dois são punidos pelo Diretor Delmas com detenção. Como podem esperar monitorizar adequadamente o progresso do programa desde a detenção? Pior ainda, com Jeremy e Aelita detidos na biblioteca sob a custódia sufocante de Jim, Xana lança um ataque contra o navio inacabado, ameaçando destruí-lo completamente…

Pressionado pelos ansiosos e impacientes Guerreiros Lyoko, Jeremy concorda em lançar o navio virtual Skidbladnir em sua viagem inaugural. Aelita, Ulrich, Yumi e Odd preparam-se para embarcar na sua primeira viagem como internautas explorando a World Wide Web. Mas assim que os nossos heróis descobrem o ambiente líquido do Mar Digital, surge uma falha na programação e o “Skid” perde o seu sistema de orientação. A única maneira de consertar o bug é Jeremy recuperar os materiais necessários em seu dormitório - que está completamente trancado em uma simulação de incêndio em toda a escola! Presos na rede, os Guerreiros Lyoko se deparam com uma nova ameaça...

Já há algum tempo que XANA tem como alvo Jeremy ou Aelita nos seus ataques. Isso preocupa Jeremy: se algum dia os dois ficarem incapacitados, Ulrich, Yumi e Odd nunca conseguirão usar o supercomputador sozinhos. Enquanto Aelita vai para a rodada final de audições realizadas pelos Subdigitais, Jeremy ensina a seus - relutantes - amigos como operar o computador. Mas, de repente, um ataque de XANA deixa Jeremy inconsciente. Com Aelita também ausente, Ulrich, Yumi e Odd não têm outra escolha senão gerirem-se sozinhos...

Os Guerreiros Lyoko regressam ao Mar Digital em mais uma missão, desta vez para explorar um novo mundo virtual que XANA parece ter criado baseado em Lyoko. Isto poderia correr mais suavemente se Odd e Aelita não estivessem constantemente a discutir um com o outro (cada um culpando o outro por terem sido enviados para detenção juntos pelo Diretor Delmas) ou se Hervé e Nicolas não tivessem visto acidentalmente os nossos heróis a entrar na fábrica…

Jeremy está convencido de que o bando de Guerreiros Lyoko precisa entrar em forma para lutar melhor contra Xana. Quem melhor do que Jim, um ex-sargento das Forças Especiais, para colocá-los em forma? Nossos heróis – incluindo Jeremy – são alistados em um “campo de comando”, que logo mostra aos nossos jovens recrutas onde estão seus limites! Durante o treinamento, eles também têm a oportunidade de descobrir mais sobre a vida de seu sargento professor de ginástica. Mas logo Xana ataca... E enquanto Jeremy fica para trás para ajudar o ferido "GI Jim", os Guerreiros Lyoko terão que aplicar suas novas habilidades para chegar à fábrica...

Usando um satélite militar, XANA consegue alterar a trajetória de um cometa, que agora ameaça colidir com a academia e a fábrica! Enquanto Yumi, com a ajuda de Hiroki e Johnny, tenta tomar o controle do satélite militar de XANA invadindo uma antena parabólica, Jeremy deve trazer os outros Guerreiros Lyoko, que foram enviados para as profundezas da Internet em outra missão...

Para dar aulas de biologia sobre ecossistemas, a Sra. Hertz leva todos os alunos do nono ano para um acampamento em uma ilha isolada no meio de um lago. Apenas Yumi fica na academia para fazer alguns exames intermediários. Mas XANA aproveita-se astuciosamente do isolamento dos nossos heróis para atacar o Skid, planejando destruir a nave. A malvada inteligência artificial também cria um monstro aquático prendendo a classe aterrorizada e os Guerreiros Lyoko na ilha…

Tentando impressionar Milly trazendo-lhe um furo para seu jornal, Hiroki rouba o diário pessoal de sua irmã, na esperança de contar alguns segredos a Milly. Só que ele perde o diário, trazendo sobre ele toda a ira de Yumi. Ainda furiosa com o irmão, Yumi sai em missão na rede. Mas no calor da batalha contra os monstros de Xana, seu Navskid se perde no mar...

Os Guerreiros Lyoko estão planejando uma missão de busca e destruição contra o Supercomputador que criou a primeira réplica, descoberto em uma missão anterior na rede. Para completar sua missão, Jeremy concluiu um processo que ele chama de “Energização”, uma espécie de teletransporte que permite que seus amigos sejam rematerializados em qualquer lugar da Terra na forma de um Espectro Super Polimórfico. Enquanto Yumi e Ulrich vigiam o Skid, Aelita e Odd se materializam nas profundezas da selva amazônica...

Uma viagem de volta ao laboratório Amazon para nossos heróis, determinados a finalmente destruir de uma vez por todas o Supercomputador alojado dentro dele. Mas primeiro, os Guerreiros Lyoko terão que passar por um exército de aracnóides criados por XANA. Quanto a Odd, ele tem uma aposta modesta com seus amigos…

Durante uma missão de rotina, Odd toma a iniciativa de levar Kiwi até Lyoko com ele, contra a vontade de Jeremy. Infelizmente, as coisas não acontecem como ele imaginava… Enquanto os Guerreiros Lyoko lutam para lidar com os problemas resultantes, XANA ataca possuindo uma gangue de motociclistas que assume o controle da fábrica. Enquanto isso, Yumi tenta acalmar as suspeitas de Sissi, à medida que a filha do diretor descobre cada vez mais que William (na verdade, seu dublê) está se comportando de maneira bastante estranha...

Jeremy está ficando envergonhado e preocupado com o comportamento cada vez mais humano do clone de William, e diz isso a seus amigos. Infelizmente, a conversa é ouvida por Milly e Tamiya que, acreditando ter conseguido um furo, decidiram entrevistar o sósia de William. O clone conduz os dois repórteres iniciantes até a fábrica. Enquanto isso, os Guerreiros Lyoko partem em uma missão para destruir outro supercomputador escondido em uma base militar em algum lugar do deserto do Novo México. Mas a missão é interrompida quando o verdadeiro William aparece… no laboratório de informática!

Todos os Guerreiros Lyoko estão voltando para suas respectivas famílias para as férias de inverno... exceto Aelita, cujo passado continua sendo um assunto doloroso, e que opta por ficar sozinha na academia para melhor ficar de olho em XANA. Mas no momento em que a jovem Aelita está sozinha no seu quarto, recebe uma mensagem do pai: ele recriou o chalé da família numa “bolha de realidade” em Lyoko, para que finalmente possa passar um momento juntos nas férias com a filha.

Nossos heróis fazem outra viagem à base no deserto e se deparam com uma descoberta perturbadora. A missão deles fica ainda mais difícil porque Odd, que quebrou um espelho pouco antes de partir, parece não ter trazido nada além de azar para si e para os outros...

Sissi recebe um lindo e glamoroso correspondente da Islândia, um verdadeiro arraso que deixa todos os garotos da academia loucos… Cada um deles! Mas a jovem parece ter olhos apenas para Odd, aumentando a tensão entre a gangue. Atormentado, Odd comete uma traição imperdoável: revela o segredo dos Guerreiros Lyoko ao exibir o Supercomputador para seu novo prêmio, com consequências desastrosas…

O resto da gangue de Guerreiros Lyoko está irritado com o cachorro de Odd, Kiwi. Aparentemente, o filhote só serve para destruir ou sujar os pertences de outras pessoas. Apesar dos protestos de Odd, eles chegam a uma decisão comum de banir o cachorro por vários dias na fábrica... Enquanto isso, enquanto Yumi e Ulrich estão na aula de Penchak Silat, XANA toma posse do “outro” Kiwi: Kiwi2,… o cachorro-robô de Jeremy, agora programado para atacar!

Durante uma inspeção surpresa no dormitório, Odd implora a Yumi que esconda Kiwi na casa de seus pais. A jovem concorda relutantemente… mas por sua vez passa a responsabilidade pelo cachorro para seu irmão Hiroki quando ela é chamada por Jeremy para partir em outra missão. Na verdade, Jeremy encontrou outro Réplica. Assim que o Skid é configurado no Réplica, Yumi e Odd são energizados para um local… fora deste mundo. Mas Odd parece não notar: sua mente está em outro lugar, preocupado com seu cachorro…

Patrick Belpois, primo de Jeremy, é um novo aluno surpresa matriculado na Academia Kadic. Ao contrário do resto dos Guerreiros Lyoko, que acham o recém-chegado interessante e charmoso, Jeremy sempre detestou seu primo e deixa isso bem compreendido. Sissi aproveita a rivalidade familiar Belpois para tentar descobrir o segredo dos nossos heróis. Mas logo XANA ataca e as coisas ficam ainda mais complicadas…

Hoje é a noite: Aelita é a DJ do set de abertura do show dos Subdigitals! Enquanto ela luta contra o medo do palco, Odd tenta febrilmente encontrar um ingresso extra que havia prometido a outra garota que ele pretendia impressionar. Chega a hora… Mas XANA invade o show e sequestra o novo DJ…

Aelita encontra uma foto sua com Franz Hopper no Hermitage. Jeremy tenta extrair informações da imagem, pois as fórmulas matemáticas são visíveis em um quadro-negro ao fundo. Mas a imagem vai parar nas mãos de Sissi, que passa a foto para o pai. Isto desperta a curiosidade do Diretor: o que é que Aelita está a fazer com o ex-professor de física da academia?! Cabe aos nossos heróis proteger o segredo de Aelita…

Os pais de Odd vêm fazer uma visita. O jovem reclama de sua família para seus amigos, preferindo entrar em conflito com eles como qualquer outro adolescente “normal”. Entretanto, XANA ataca, usando o telemóvel para tornar os seus donos particularmente agressivos, cumprindo assim o desejo de Odd: os seus pais, vítimas dos telefones possuídos, procuram agora matar o seu filho…

Mais uma missão Réplica para nossos heróis. Desta vez, enquanto Ulrich e Aelita lutam contra um novo monstro gigante indestrutível, Odd e Yumi são teletransportados para uma base na Sibéria, onde se deparam com William, ele próprio teletransportado para lá por XANA. Além disso, Ulrich suporta o peso da fúria de Yumi, depois de confessar a responsabilidade por uma brincadeira... feita por Odd!

Os Guerreiros Lyoko retornam à Sibéria na tentativa de finalmente libertar William das garras de XANA. Usando dados recolhidos por Aelita no último teletransporte do jovem Jeremy consegue criar um programa para encontrar o amigo preso. Mas para trazê-lo para casa, nossos heróis terão que realizar uma infinidade de tarefas em sincronização – o que não é pouca coisa quando confrontados com o Kolossus... e um exército inteiro de robôs!

Tendo desistido da ideia de destruir todos os Réplicas depois de descobrir o quão numerosos eles são, e particularmente após a perda do Skid, Jeremy retorna seus esforços para sistemas multiagentes, seu único meio restante de derrotar XANA. Mas enquanto trabalha arduamente num programa anti-XANA, Franz Hopper faz novamente contacto com os nossos heróis para marcar um encontro em Lyoko. O recém-libertado William, tentando retornar a uma vida normalmente ajustada, se oferece para ajudar os Guerreiros Lyoko, mas é rejeitado pela gangue que guarda memórias indeléveis de sua posse por XANA. Prepare-se para a batalha final…

Após a vitória contra XANA, nossos heróis se reúnem pela última vez para desligar definitivamente o Supercomputador e, ao mesmo tempo, pôr fim às suas vidas de aventura, perigo e experiências inesquecíveis... No entanto, apenas Yumi parece pronta para virar a página: Jeremy, Estranho, Ulrich e Aelita claramente não querem que estes tempos acabem! Ao reviver algumas de suas aventuras mais intensas e memoráveis, os agora aposentados Guerreiros Lyoko enfrentam o fim, enquanto Sissi finalmente revela seu segredo…