Tem novidades para a turma de Lyoko: Jeremy programou alguns veículos de alto desempenho... e Xana tem alguns monstros novos em seu comitê não tão acolhedor. Além do mais, Aelita se muda para a Academia para morar com os amigos! No entanto, a vida na Terra não é um mar de rosas para a nossa jovem heroína: Xana assumiu o controle de uma casa no bairro e atraiu a gangue para lá para destruí-los! Hermitage não é apenas um lugar perigoso, mas parece ser o lar de um mistério: quando Aelita entra na casa, é tomada por visões perturbadoras…

Ao investigar o Hermitage, a casa onde Aelita teve visões, Jeremy descobre que ela pertenceu ao Sr. Franz Hopper, um ex-professor da Academia Kadic. Mais interessante ainda é o fato de que pode haver uma ligação entre ele, a fábrica e o Supercomputador. De volta à escola, os outros alunos incomodam Aelita. Em desespero, ela decide voltar correndo para Lyoko – que oportunidade de ouro para Xana raptá-la! Enquanto a turma procura Aelita, descobrem que Xana a levou para um setor desconhecido - Setor 5! O episódio termina com nossos heróis salvando Aelita das garras de um novo monstro que tentava roubar sua memória! Então, quem é realmente Franz Hopper? O que eles descobrirão no Setor 5? Porque é que Xana quer a memória de Aelita? Nossos heróis devem desvendar esses novos mistérios!

Agora que nossos heróis descobriram o Setor 5, eles decidem explorá-lo na esperança de descobrir alguns de seus segredos. Primeiro, terão de lidar com uma série de armadilhas, mas depois percebem que este setor é, na verdade, parte da própria Xana. É o lugar perfeito para roubar informações do inimigo. Jeremy vê isso como uma oportunidade para saber mais sobre Franz Hopper e sobre o antivírus que libertará Aelita do Xana. De volta ao mundo real, os pais de Yumi estão preocupados com suas excursões noturnas e decidem ficar de olho nela. Como ela poderá ajudar seus amigos agora?

Xana ganhou o controle do programa de “retorno ao passado” do Supercomputador. No início, os nossos heróis lutam para compreender porque é que isso aconteceria... mas em pouco tempo, apercebem-se de que Sissi foi possuída por Xana. Ela está tentando eliminá-los! Então, finalmente, a ficha cai; os “regressos ao passado” têm aumentado o poder de Xana e agora o seu inimigo é forte o suficiente para controlar os seres humanos…Novos perigos aguardam!

Desde o dia em que Aelita pôs os pés em Hermitage, tem sido atormentada por visões cada vez mais assustadoras. Há alguns dias, ela não consegue pregar o olho. Jeremy sugere voltar para casa para acabar com seus pesadelos de uma vez por todas. Uma vez em casa, as visões de Aelita levam-na a um brinquedo de pelúcia estranho e de aparência familiar. Quando Aelita leva o brinquedo para a aula, Sissi tenta arrancá-lo e as duas meninas acabam por rasgá-lo em dois. Uma pequena chave cai no chão. Mais tarde, nossos heróis descobrem, para a alegria deles, que é a chave de um armário que contém o diário de Franz Hopper em forma de 13 CDs! Infelizmente, os CDs são criptografados. Jeremy tem um trabalho difícil para ele agora…

É Dia de São Valentim! Yumi e Ulrich brigam por causa de William. Aelita recebe um lindo colar que ela está convencida de que é de Jeremy. Infelizmente, é realmente um presente “envenenado” da Xana. Quando Aelita colocar o colar, Xana ficará impotente para resistir à vontade de ir até Lyoko e entregar-se ao Scyphozoa. Felizmente, nossos heróis chegam bem a tempo de salvá-la...

Aelita substitui um dos DJs no baile da escola da Academia. Quem diria que ele teria tanto ouvido para música eletrônica! Jeremy está com ciúmes de todo o tempo que ela gasta em sua nova paixão. Entretanto, XANA está à espreita. Com Jim sob seu controle, Xana consegue sequestrar Aelita e virtualizá-la em Lyoko para que o Scyphozoa possa roubar sua memória. Nossos heróis devem derrotar Jim, que se tornou invencível, graças aos poderes que Xana lhe conferiu…

Na tentativa de salvar Aelita do Scyphozoa, Yumi se vê envolvida em um combate brutal contra o monstro. Pouco depois, Jeremy vê que, como resultado do combate, Yumi não pode mais ser desvirtualizada. Na verdade, parece que falta uma parte vital dela: seu código de DNA virtual! Como ele pode devolver isso para ela? Após inúmeras tentativas de encontrar uma solução, nossos heróis percebem que a única maneira de ajudar Yumi é entrar na Xana e procurar o “elo perdido” – no Setor 5… perigo à frente!

Yumi e sua família vão se mudar. Seu pai, o Sr. Ishiyama, foi demitido do trabalho e eles não podem se dar ao luxo de ficar em sua casa atual enquanto ele tenta encontrar outro emprego. Devastado pela ideia da partida de Yumi, Ulrich tem uma ideia: ele planeja usar secretamente o programa “retorno ao passado” para comprar um bilhete de loteria premiado que dará aos pais de Yumi. Ele executa seu plano e, para surpresa de ninguém, ganha o sorteio da loteria. Mas seus amigos percebem o que ele fez. Eles sabem que regressar ao passado aumenta o poder de Xana. Jeremy e Yumi acham que Ulrich foi longe demais. Como ele pôde ser tão descuidado! Eles já decidiram: Ulrich está fora da gangue. Enquanto isso, Xana usa Nicolas para lançar um ataque. Nossos heróis estão em perigo real. Ulrich age bem a tempo de salvá-los e reconquista seu lugar no time.

Quando Jeremy decifra parte do diário de Franz Hopper, ele se depara com uma teoria interessante sobre sistemas multiagentes. Afirma que, embora um pequeno programa isolado, trabalhando sozinho, seja incapaz de dar a menor resposta imaginativa, diz-se que um grupo de pequenos programas trabalhando juntos é capaz de executar tarefas altamente complexas. Jeremy acredita que um programa desta natureza seria uma arma fantástica para usar contra a Xana! Com base nesta última descoberta, Jeremy cria um novo programa que chama de “Marabounta!” Ele lança. A princípio, “Marabounta” é uma arma eficaz para nossos heróis contra os monstros de Xana, mas logo as coisas começam a dar terrivelmente errado!

A bateria nuclear que alimenta o supercomputador está ficando sem combustível... Pressentindo o perigo que corre, Xana quer um criminoso para roubar urânio. Quando os nossos heróis descobrem o que se passa, são forçados a ajudar Xana a levar o seu plano maligno, uma vez que a sobrevivência de Aelita também está ameaçada!

Já há algum tempo, Jeremy tem agido cada vez mais estranho. Ele insiste que eles continuem voltando ao passado, apesar do que seus amigos dizem. Todos estão perfeitamente conscientes dos perigos inerentes ao voltarem ao passado, ou seja, um aumento dos poderes da Xana. Quando os nossos heróis analisam mais de perto o que se passa, descobrem que Xana enganou Jeremy para que utilizasse as notas de Franz Hopper para construir uma máquina que utiliza o processo de regresso ao passado para aumentar dez vezes as capacidades intelectuais de Xana. Mas o processo está colocando em risco a saúde de Jeremy... e seus amigos devem ajudá-lo a se libertar de sua obsessão.

Hoje, na Academia Kadic, os alunos do 8º e 9º ano têm aula de direção. Ulrich e William querem impressionar Yumi e estão brigando um com o outro. Entretanto, a Xana lançou um novo ataque. Na tentativa de exterminar os seus inimigos, Xana encontrou uma forma de materializar Krabes no mundo real. A luta contra a Xana está mais dura do que nunca… e Ulrich e William serão forçados a unir forças. E isso não é fácil para duas crianças que não se suportam!

Xana está com o Diretor. O Sr. Delmas sequestra Yumi e Odd e dá um ultimato a Jeremy: Aelita deve ir até o fim do setor de gelo em Lyoko dentro de duas horas, ou Odd e Yumi vão dessa pra melhor! Nossos heróis não têm um segundo a perder! Mas a polícia também está procurando por Odd e Yumi e atrapalham nossos heróis. Graças a uma bomba eletromagnética feita por Jeremy, Ulrich elimina o Diretor xanafiado e salva Odd e Yumi no último segundo…de volta a Lyoko, Aelita desativa a torre.

Ao final de mais uma missão bem-sucedida em Lyoko, nossos heróis se rematerializam nos scanners. Mas algo não está certo: o programa falhou e colocou Yumi no corpo de Odd e vice-versa. Eles são forçados a se virar o melhor que podem em corpos desconhecidos, enquanto o resto da gangue observa rindo. Mas as coisas tomam um rumo mais sério quando nossos heróis percebem que as estruturas atômicas de Odd e Yumi são instáveis e que ambos podem se desintegrar para sempre.

A febre do amor tomou conta da Academia! Primeiro, Aelita flagra Jeremy beijando Heidi! Então, Yumi vê Ulrich beijar Sissi! Jeremy descobre que Aelita está namorando Nicolas! A turma corre sério risco de desmoronar, a começar por Jeremy, que tem um grande desentendimento com Aelita. Mais uma vez, a Xana está por trás de tudo. Desta vez, enviou um espectro polimorfo que pode mudar a sua aparência à vontade para a Academia dividir para governar... mas os nossos heróis descobrem isso com tempo suficiente para chegar a Lyoko e salvar Aelita das garras do Scyphozoa.

Ulrich tem medo de altura... mas nunca ousou admitir isso para seus amigos. Até que um dia, na aula de educação física, ele tem que correr com William pela parede de escalada e é humilhado por ele na frente de Yumi. Desanimado, ele sai para meditar na floresta. Yumi e Odd partem para encontrá-lo e animá-lo… e é aí que Xana decide atacar. Envia uma matilha de lobos para exterminar nossos heróis! Jeremy e Aelita devem agir rápido contra Lyoko!

Mais uma vez, Aelita é atormentada por estranhas visões que parecem relacionadas com um passado que ela não reconhece. Na verdade, é um dos esquemas da Xana! Estimula a memória da nossa jovem heroína para atraí-la para o Setor 5 onde o Scyphoaoa a espera! Após uma longa luta, nossos heróis conseguem conter o ataque de Xana. Mas ainda há uma questão sem resposta: de onde vêm essas visões?

É hora do exame físico anual na Kadic Academy! Xana possui a enfermeira da escola, Yollanda, e captura Aelita. Seu objetivo é levar Aelita até Lyoko e entregá-la aos Scyphozoas. Para Jeremy, só há uma solução possível: eles devem impedir que a enfermeira da escola chegue à sala do scanner! Ele decide colocar em ação um projeto no qual está trabalhando há algum tempo… ele ativa uma torre para seu próprio uso, depois pixeliza Odd, dando-lhe os mesmos poderes de alguém possuído por Xana. Odd agora pode lutar contra Yollanda em igualdade de condições! Infelizmente, Xana tem algumas ideias próprias para lutar contra Jeremy…

Quando Sissi ouve ruídos estranhos vindos da sala da caldeira, ela se convence de que a Academia Kadic é assombrada. Quando o nosso esnobe favorito organiza uma sessão patética na cave, Xana envia um espectro. O pânico se espalha pela escola! Os alunos estão todos convencidos de que o infame fantasma de Kadic está de volta! Os nossos heróis, por outro lado, sabem perfeitamente que se trata apenas de mais um dos esquemas de Xana e que para destruir o “fantasma” deverão desactivar a torre…mas como chegarão à fábrica?

Um homem estranho aparece no laboratório de informática alegando ser… Franz Hopper. Nossos heróis não conseguem acreditar no que veem. Mas na verdade, o homem é apenas mais um dos espectros de Xana que assumiu uma aparência humana. Ele habilmente, mas incansavelmente, semeia dissensão na gangue para que possa exterminar nossos heróis e atrair Aelita para Lyoko para que o Scyphozoa possa roubar sua memória.

Nossos heróis estão lutando contra Sissi, que está agindo de forma muito estranha. Poderia Xana estar controlando-a? Esta hipótese é rapidamente descartada, pois Sissi não parece interessada em prejudicar os nossos heróis... pelo contrário, ela parece estar tentando dizer-lhes algo. A verdade vem à tona quando uma torre ativada é descoberta em Lyoko – algo ou alguém assumiu o controle de Sissi na tentativa de contatar a gangue. Depois de superar uma série de obstáculos e lutar contra Xana (que tenta bloquear todo contato entre Sissi e nossos heróis) eles percebem que é Franz Hopper quem deseja se comunicar com eles…

Para facilitar a descriptografia do diário de Franz Hopper, Jeremy decide ativar uma torre mais uma vez. Mas enquanto Aelita transfere dados, Xana tenta retomar o controlo da torre e poderá obter acesso à parte de acesso restrito do Supercomputador onde Jeremy armazenou todos os dados que recolheu desde o início. Enquanto isso, Yumi tenta encontrar Odd, que caiu em uma armadilha, enquanto em Lyoko, Ulrich luta contra um espectro que é um clone de si mesmo...

Graças ao diário de Franz Hopper, que finalmente foram decifrados, Jeremy entende o que é o vírus que liga Aelita à Xana - um “fragmento” da própria Aelita que Xana roubou. Eles devem recuperá-lo a todo custo se quiserem finalmente desligar o supercomputador e destruir Xana! Mas Aelita ficou confusa com algumas das revelações sobre si mesma no diário de Franz Hopper. Em estado de choque, ela arrisca a vida ao tentar desligar o supercomputador sozinha. Jeremy vem ao resgate e consegue persuadi-la a participar da missão final no Setor 5 para recuperar seu fragmento perdido. O combate final contra Xana está prestes a começar…