A supercalculadora X.A.N.A montou outro ataque contra o nosso planeta. Desta vez, assumiu o controle do ursinho de pelúcia da pequena Milly. Milly é uma estudante da mesma escola secundária de nossos heróis. O ursinho de pelúcia não apenas ganha vida e se torna muito agressivo, mas também cresce até ficar tão grande quanto um prédio diante de nossos olhos. A segurança de toda a cidade está em perigo. Enquanto Ulrich corre para ajudar Yumi, Odd terá de lutar sozinho em Lyokô – com Jeremy a agir como seu apoio moral e guia – para que a sua amiga virtual Aelita possa frustrar o ataque de X.A.N.A. Enquanto isso, Yumi e Ulrich, com Milly a reboque, terão que fazer algo incrível se quiserem escapar das garras terríveis do ursinho de pelúcia gigante.

Enquanto Odd tenta formar uma nova banda, X.A.N.A assume o controle do fornecimento de eletricidade da escola. Liderando a investigação, nossos heróis entendem que o diabólico computador X.A.N.A também está planejando explodir uma usina nuclear. Um pouco de concentração durante a aula de ginástica irá ajudá-los a tomar a decisão certa! Na verdade, o perigo é tão grande que eles decidem revelar às autoridades a existência de Lyokô, o mundo virtual que só eles conhecem. Mas tudo parece tão absurdo que, no final, ninguém acredita neles. Yumi, Aelita, Jeremy, Odd e Ulrich só podem recorrer a si próprios para impedir que uma explosão nuclear destrua a cidade.

Sissi, a futura filha da escola, cria coragem para dizer a Ulrich que está apaixonada por ele. Longe de se sentir lisonjeado, Ulrich cai na gargalhada, ferindo os sentimentos de Sissi. Determinada a não ser tola nesta situação, Sissi decide se vingar criando problemas entre Ulrich e Yumi. Enquanto tudo isto acontece, a supercalculadora X.A.N.A encontrou uma nova forma de atacar o nosso planeta. Contaminou as vespas nas dependências da escola e as está usando para atacar! Yumi, Ulrich, Odd e Jeremy terão que lutar contra esta nova ameaça. Mas a intromissão de Sissi semeou dúvidas nos membros da equipe e está afetando gravemente o espírito de equipe…

Jeremy consegue ficar de castigo durante todo o período das férias escolares. Ele quer estar presente caso X.A.N.A, a supercalculadora, decida lançar um ataque durante o intervalo. Sissi, que suspeita que Jeremy tenha atividades secretas, acerta as coisas para que ela também esteja na escola durante as férias. O diretor encarregou Jim de cuidar dos dois jovens. Os receios de Jeremy são confirmados quando X.A.N.A consegue espalhar fumos altamente tóxicos por toda a escola, representando uma ameaça direta para Jim e Sissi, que estão escondidos numa pequena sala. Jeremy deve enfrentar o X.A.N.A sozinho, então digamos apenas que é uma situação desesperadora. Ele chama Yumi, Odd e Ulrich para o resgate. Será que eles voltarão para a escola a tempo de ajudá-lo?…

X.A.N.A não deixa passar nenhum detalhe da vida na escola. O Diretor decidiu fazer ampliações no ginásio e a supercalculadora não perde tempo antes de transformar as escavadeiras da zona de construção em armas. Nossos heróis devem cortar esse novo ataque pela raiz antes que o exército metálico tenha a chance de destruir a fábrica, impossibilitando assim que eles cheguem ao laboratório secreto. Durante a batalha que acontece em Lyokô, Yumi cai no mar digital e se transforma em personagem virtual para sempre. É um dilema cruel para Jeremy, que acaba de realizar o trabalho de sua vida ao descobrir como transformar Aelita em uma pessoa real. Mas ele só pode dar vida a uma pessoa: será Yumi ou Aelita?

Sissi usa o diário de Ulrich contra ele para que ele seja forçado a prestar atenção nela. O diário contém detalhes das atividades secretas de Ulrich e da existência de Lyokô. Ela aproveita uma visita escolar à piscina para atacar. Mas este não é o momento para Ulrich ser apanhado numa armadilha porque X.A.N.A assumiu o controlo do autocarro escolar eléctrico em que ele e os outros estudantes viajam. em direção ao complexo químico da cidade. Somente as habilidades e ousadia de Odd, Yumi e Aelita em Lyokô podem parar o ônibus maluco e salvá-lo de uma catástrofe mortal…

X.A.N.A criou um vírus de computador e o enviou pela internet. Todos os bancos de dados da cidade foram danificados. Embora os problemas que isto causa sejam rapidamente resolvidos sem grandes incidentes, o centro de controlo ferroviário foi duramente atingido e já não consegue parar dois dos seus comboios que estão em rota de colisão. Nossos heróis enfrentam uma situação urgente. Eles devem contrariar o plano maligno de X.A.N.A e impedir que esta colisão mortal ocorra. E pensar que Sissi irá atrás de Ulrich novamente e tornará a missão do nosso time dos sonhos ainda mais difícil!

Você pode imaginar como nossos heróis ficam surpresos quando a nova garota da escola entra na sala de aula e eles percebem que ela é a cara de Aelita! É ainda mais preocupante porque não há vestígios do amigo virtual deles em Lyokô. Jeremy tem certeza de que isso não é uma simples coincidência. A nova garota deve ser uma versão real e viva de Aelita. Seus amigos não se convencem tão facilmente e no final acabam tendo razão. Aelita ainda está no Lyokô, mas está lesionada. E é melhor eles ficarem atentos! Essa nova garota vai ser um verdadeiro lobo em pele de cordeiro…

Bem no meio da aula de ciências, os celulares de todos os alunos começam a tocar. Mas quando atendem, não há ninguém na linha. Sra. Hertz confisca os telefones de todos. Jeremy percebe que X.A.N.A. está por trás dessas ligações inoportunas. A super calculadora está usando a antena de comunicações para assumir o controle de um satélite militar muito poderoso, que poderia ser usado como instrumento de destruição em massa! Só uma vitória sobre Lyokô pode salvar o dia e, acima de tudo, Yumi, que é o primeiro alvo de X.A.N.A.

Jeremy tem um problema sério: ele é muito inteligente. Seus professores estão tão convencidos de sua genialidade que acreditam que ele deveria ir para uma escola secundária especial para crianças superdotadas e talentosas. Nossos heróis estão em uma situação difícil. Sem Jeremy, eles poderiam desistir da luta contra X.A.N.A. e de qualquer esperança de dar vida a Aelita. Jeremy decidiu falhar em todos os testes que será forçado a fazer, de propósito. Enquanto ele está preso nos exames, X.A.N.A. transformou a população de ratos da escola num exército. Como nossos heróis irão superá-los sem Jeremy?

Durante uma das missões de rotina de Aelita e Yumi em Lyokô, Yumi desaparece repentina e inexplicavelmente, e reaparece dentro de um dos scanners da fábrica. Como ela está inconsciente, Jeremy, Ulrich e Odd a levam para a enfermaria. Ao acordar, ela começa a agir de forma estranha, insistindo para que a levem de volta para a fábrica. Seus amigos ainda estão se perguntando como é que ela foi mandada de volta ao mundo real antes da hora. O que os meninos não sabem é que a verdadeira Yumi ainda está em Lyokô, mantida como prisioneira por X.A.N.A., enquanto um clone maligno e quase indestrutível tomou seu lugar no mundo real. O clone tem apenas uma missão: destruir nossos heróis! Jeremy, confiante, envia Odd e Ulrich a Lyokô para ajudar Aelita a desativar uma torre. Ao fazer isso, ele acaba sozinho, cara a cara com a verdadeira criatura X.A.N.A. Somente a verdadeira Yumi, depois de libertada por seus amigos e de volta ao mundo real, pode enfrentar o clone no último minuto.

Um diretor de cinema está planejando filmar seu próximo filme na fábrica de nossos heróis. Que catástrofe! O que acontecerá se descobrirem o laboratório, a supercalculadora e Lyokô? Depois de uma tentativa vã de dissuadir o diretor, Ulrich consegue um trabalho no filme. A coisa certa para poder ficar de olho no diretor e na sua equipe, e ao mesmo tempo proteger o laboratório. Infelizmente para ele, Sissi conseguiu um papel secundário no filme e não o perde de vista. O azar sempre vem acompanhado e, neste caso, X.A.N.A. acorda e assume o controle do protagonista do filme: um alienígena de plástico com enormes tentáculos. Seu objetivo é livrar-se de Ulrich e de nossos outros heróis. O diretor, acreditando que o alienígena foi roubado, se envolve em tudo isso para tentar rastrear o ladrão, ou seja, Ulrich, e recuperar sua criatura. Prepare-se para ver cenas de perseguição de tirar o fôlego na fábrica e nossos heróis em perigo.

Nesta noite, em particular, Ulrich não aguenta mais. Ele não suporta mais viver com a desordem de Odd e ouvir a música tocando no rádio enquanto tenta terminar o dever de casa. Ulrich decide passar a noite na casa de Jeremy. Mas Odd, deixado sozinho, entra num estranho estado de transe e para de se mover. No dia seguinte, Odd, cujo pulso está cada vez mais lento, é internado no hospital. Pouco depois, Sissi sofre o mesmo destino. Com medo de que esse possa ser um ataque de X.A.N.A., Jeremy e Ulrich correm para Lyokô, enquanto Yumi, em outro lugar, percebe que X.A.N.A. está pegando as pessoas com a música! A canção assassina está sendo tocada em todos os lugares e a população está entrando em coma. Outras cidades também estão começando a ser afetadas. Ulrich, Yumi e Jeremy terão que agir rápido, se quiserem salvar Odd e a maior parte da população da morte certa.

X.A.N.A. assumiu o controle da linha de montagem na fábrica deserta. Os androides de Hervé e Jeremy, que eles fizeram para o Dia dos Encontros com Robôs da escola, estão lutando entre si no ginásio. Enquanto isso, outro robô muito mais assustador, criado por X.A.N.A., aparece na escola, criando pânico e confusão. Nossos heróis não têm tempo a perder. Enquanto Odd e Jeremy correm para o laboratório, Yumi e Ulrich tentam eliminar o robô que está em seu encalço. Mas as coisas não são tão fáceis como parecem. O Robô destruiu o laboratório, o que significa que ninguém poderá chegar a Lyokô até que este esteja novamente operacional e que Aelita esteja em perigo! Além do mais, graças à sua inteligência artificial e armadura reforçada, o Robô de X.A.N.A. parece indestrutível. Jeremy tem que ficar na fábrica para consertar o laboratório! Por puro desespero, Yumi e Ulrich terão que unir forças com o inimigo e pedir ajuda a Hervé!

A fábrica abandonada ganha uma nova vida. X.A.N.A assumiu todos os mecanismos. No silêncio da catedral vazia, o computador maluco está apenas esperando que nossos amigos caiam direto na sua armadilha. Odd e Jeremy se encontram na Sala das Máquinas, que está fora de controle, e Yumi, Ulrich e Sissi entram no elevador e caem direto na armadilha. O elevador cai no chão. Yumi é a única que consegue sair dos escombros para pedir ajuda a Odd e Jeremy, que estão prontos para ir até Lyokô. Sissi e Ulrich, cujo braço está quebrado, ficam presos no fundo do buraco do elevador, que se enche rapidamente de água. Graças à proteção de Yumi e Odd, Aelita consegue desativar a torre bem a tempo de evitar que se afoguem. Ulrich terá uma tala de gesso para relembrar essa aventura e também a memória de ter visto um lado muito diferente e inesperado de Sissi.

Após outra tentativa de Jeremy, sem sucesso, de trazer Aelita à vida, o programa de computador virtual da jovem dá um erro: se ela desativar uma torre, desaparecerá de Lyokô de uma vez por todas! Uma corrida contra o tempo começa para Jeremy, que deve depurar o programa de Aelita antes do próximo ataque de X.A.N.A.! Infelizmente, o supercomputador entra em ação, enviando ondas ultrassônicas destrutivas que fazem o prédio da escola desabar e colocam a vida de Odd em perigo. Ulrich e Yumi juntam-se a Aelita em Lyokô , mas dada a escala do ataque, eles logo percebem que Jeremy não terá tempo suficiente para resolver o problema antes que a torre seja desativada. Eles não têm escolha senão sacrificar Aelita.

Yumi está se sentindo deprimida. Seus pais, que geralmente são tão próximos, decidiram fazer uma separação experimental, tudo por causa de um incidente estúpido, cujos detalhes nenhum deles consegue realmente lembrar. O pai de Yumi foi ficar com um amigo do trabalho para “pensar nas coisas”. Depois de tentar de tudo para esconder a situação de seus amigos, Yumi acaba deixando escapar tudo e seus amigos, então, fazem todos os esforços para animá-la e reunir seus pais novamente. Enquanto tudo isso acontecia, X.A.N.A. assumiu o controle de uma garrafa de gás que a Sra. Hertz usava durante a aula de ciências; é uma garrafa de N2O, mais conhecido como protóxido de nitrogênio ou gás hilariante. O gás se espalha por toda a escola e ataca nossos heróis diretamente, induzindo ataques de riso que os deixam perigosamente sem fôlego. Nossos heróis estão em perigo, mas também estão os pais de Yumi, que ela convidou separadamente para assistir à peça da escola no salão de reunião.

Usando uma nova máquina no laboratório de física e química da escola, XANA consegue criar nano vírus, minúsculas máquinas capazes de atacar células de memória do cérebro humano. Os nossos heróis são os principais alvos da XANA e Ulrich é o primeiro a cair. Vendo que o desejo de seu coração está sofrendo de amnésia, Sissi aproveita ao máximo a situação: ela o engana fazendo-o pensar que ela é sua namorada e que Odd, Yumi e Jeremy são seus inimigos jurados… É uma situação difícil, ainda mais porque os nano vírus estão começando a afetar toda a população! Felizmente, nossos heróis podem mais uma vez unir forças em Lyokô e salvar o mundo da amnésia!

Após uma acalorada discussão com Aelita, Jeremy decide que deve ir pessoalmente a Lyokô para encontrar sua amiga e pedir-lhe que o perdoe... Yumi não gosta muito da ideia, pois Jeremy é o único membro do grupo que domina perfeitamente o tecnologia de supercomputadores. Seus medos são confirmados quando ela aperta a tecla errada, prendendo Jeremy em algum lugar entre o mundo real e o universo virtual. Parte da memória do scanner foi perdida, impedindo que qualquer outra pessoa transferisse para o Look. Enquanto foge das criaturas que XANA enviou para pegá-la, Aelita trabalha para libertar Jeremy. Enquanto isso, Yumi, Ulrich e Odd tentam encontrar uma maneira de liberar memória para que possam acessar o universo virtual…

Odd tem uma queda por Sam, um adolescente rebelde de uma escola vizinha. Eles concordaram em se encontrar em segredo dentro da escola em Kadic. Sam leva Odd a acreditar que ele está prestes a ter um romance. Ele rapidamente recupera o juízo quando percebe que Sam está na verdade planejando roubar um computador laptop. Pouco antes de ser pego em flagrante por Jim, Sam consegue se esconder... e Odd é o acusado de roubar. Jim o arrasta de volta para seu escritório, trancando todas as portas atrás dele. Enquanto tudo isto acontecia, o fantasma de XANA atacou as fundações dos edifícios escolares, modificando a sua estrutura. As fundações desmoronam, tanto que os prédios escolares começam a afundar como uma frota de naufrágios. A única maneira de evitar a catástrofe é chegar a Lyokô. Mas Sam é um prisioneiro no prédio de ciências que está afundando. Enquanto Yumi e Jeremy correm para a fábrica, Odd e Ulrich devem fazer tudo o que puderem para salvar Sam…

Neste dia, como em muitos outros, nossos heróis desativaram com sucesso uma torre. Como sempre, eles são enviados de volta no tempo... mas desta vez, quando Jeremy chega na aula de ciências da Sra. Hertz doze horas antes, ele percebe que Odd, Yumi e Ulrich não estão lá. Eles não “voltaram” de Lyokô. Em pânico, Jeremy inicia uma investigação e rapidamente descobre que a ausência dos seus amigos se deve a um dos planos malignos de Xana. Xana conseguiu aprisionar Ulrich, Odd e Yumi – sem que eles percebessem – num universo virtual. É uma réplica perfeita de Kadic que realmente não existe… e onde há um Jeremy virtual que está tentando matá-los! O verdadeiro Jeremy deve salvar seus amigos sozinho...

Ultimamente, Ulrich só consegue pensar na final de futebol que se aproxima em Kadic. Seus pais estarão lá e ele espera impressioná-los com suas incríveis habilidades com a bola. Mas ele não conta com o facto de XANA aparecer no local errado... na hora errada. E assim, poucos minutos antes do início do jogo, Xana consegue criar uma zona de gravidade zero. Em pouco tempo, dentro de uma zona antigravitacional cada vez maior, pessoas e objetos começam a sair do solo. Nossos heróis não têm escolha senão ir para Lyokô! Ulrich se encontra em uma situação complicada. Ele abandona a partida e decepciona seus pais… ou deixa seus amigos lutando sozinhos contra Xana?

Já faz algum tempo que nossos heróis estão um tanto cansados de lutar contra XANA o tempo todo. Cansado da rotina de tudo isso, e da aparente indiferença de Yumi para com ele, Ulrich começa a sair com outra garota, o que deixa Yumi irritada e provoca uma briga entre nossos tímidos pombinhos... Ao mesmo tempo, uma torre é ativada em Lyokô, mas nenhum de nossos heróis consegue descobrir o que Xana está fazendo. Ainda em dúvida, Ulrich, Yumi e Odd são enviados ao universo virtual e percebem que caíram em uma armadilha. Se tentarem voltar ao mundo real, serão aniquilados de uma vez por todas! Esta luta “até ao fim” muda completamente a percepção dos nossos heróis sobre a sua missão – desta vez, não é a rotina habitual – e ajuda Yumi e Ulrich a resolverem as suas diferenças…

Dessa vez ele conseguiu! Jeremy concluiu o programa de desvirtualização que dará vida a Aelita. Eles podem finalmente ficar todos juntos e acabar com o supercomputador! Nem é preciso dizer que nada sai conforme o planejado. Quando todos estão na fábrica prontos para iniciar a "desvirtualização da operação", Jeremy percebe que deixou o CD com o programa no seu quarto. Ele deve voltar para a escola para pegá-lo. É quando ele fica cara a cara com Jim, que está determinado a descobrir o que nossos amigos estão tramando. Quando Jeremy tenta fugir do professor de educação física, ele cai e torce o tornozelo. Não podendo mais andar, ele ainda precisa encontrar o caminho de volta à fábrica para iniciar o programa e também tem que fazer isso rápido, porque Aelita está com problemas em Lyokô. Jeremy acha que pode ter uma solução: ele pedirá ajuda a Jim. Jim concorda, mas com uma condição. Finalmente, Jeremy consegue voltar ao laboratório e lançar o programa de desvirtualização. Alguns segundos depois, Aélita está ali em carne e osso. Jeremy, visivelmente emocionado, sussurra-lhe algumas palavras ao ouvido: "Bem-vindo à Terra".