Em 1944, no auge da Segunda Guerra Mundial, o convento de St. Augustine, localizado em uma ilha isolada da Escócia, se prepara para uma tempestade iminente. Durante a noite, uma figura encapuzada deixa um bebê em uma cesta na porta do convento e desaparece. As freiras, lideradas pela Madre Superiora, decidem cuidar da criança até que a tempestade passe. No entanto, após uma noite sob seus cuidados, eventos estranhos e inexplicáveis começam a ocorrer, fazendo com que as irmãs questionem sua fé e tudo o que acreditam.