Tendo desistido da ideia de destruir todos os Réplicas depois de descobrir o quão numerosos eles são, e particularmente após a perda do Skid, Jeremy retorna seus esforços para sistemas multiagentes, seu único meio restante de derrotar XANA. Mas enquanto trabalha arduamente num programa anti-XANA, Franz Hopper faz novamente contacto com os nossos heróis para marcar um encontro em Lyoko. O recém-libertado William, tentando retornar a uma vida normalmente ajustada, se oferece para ajudar os Guerreiros Lyoko, mas é rejeitado pela gangue que guarda memórias indeléveis de sua posse por XANA. Prepare-se para a batalha final…