Um novo ano letivo começa. De volta das férias de verão relativamente tranquilas, nossos heróis rapidamente se encontram novamente em desacordo com Xana. A diabólica inteligência artificial aumentou as apostas com uma nova estratégia de ataque: eliminar Lyoko do mapa digital destruindo uma esfera localizada numa câmara ainda desconhecida no Setor 5. Na verdade, para arrancar o coração do próprio mundo virtual! Enquanto isso, Odd descobre, para sua consternação, que não está na mesma classe que Jeremy, Ulrich e Aelita. Que desastre! Mas Odd também se depara com uma informação histórica pouco conhecida do passado de Jim que pode ajudá-lo: Jim uma vez estrelou um filme de dança discoteca... e o professor de educação física não quer que os alunos da Academia Kadic descubram. Armado com esse segredo, Odd decide chantagear Jim para ser transferido para a classe de seus amigos...

É hora de eleger um Delegado de Classe para o Conselho Acadêmico… Jeremy, pensando que seu único adversário na disputa será Hervé, está confiante na vitória. Mas ele se depara com um azarão inesperado na corrida eleitoral: Estranho! Na verdade, seu amigo e colega de classe decidiu jogar o chapéu no ringue para representar estudantes como ele: os idiotas! Noutro local, os nossos heróis descobrem que Xana tem um novo plano preocupante: destruir todos os sectores de superfície em Lyoko – que são o único meio para o bando de guerreiros aceder ao Setor 5. Sem pontos de entrada, Xana será capaz de perseguir seu objetivo de destruir todo o universo virtual sem impedimentos! No decorrer dessas façanhas, Jeremy terá um trabalho difícil: além de concorrer a um cargo público, ele terá que encontrar uma maneira de virtualizar seus amigos diretamente no Setor 5!

A Xana encontrou uma forma de elevar o nível do mar digital, “inundando” Lyoko. O resultado: o acesso dos nossos heróis ao Setor 5 está bloqueado… Naturalmente, Xana aproveita a situação para lançar um ataque potencialmente fatal ao Coração de Lyoko. É melhor Jeremy descobrir algo rápido! Enquanto isso, na academia, é o dia da “Consciência Nutricional”. Para garantir refeições equilibradas aos alunos, Rosa Littlejohn tem de criar um menu totalmente novo, “leve e saudável” no refeitório. Este novo regime dificilmente atende ao apetite de Odd, muito menos ao seu gosto... e o adolescente faminto se vê tentando sobreviver com o estômago vazio! Um desastre em preparação para um comedor tão voraz…

Uma agência governamental secreta conhecida como “The Division” descobre que Jeremy invadiu seu sistema de computador. Alertada sobre esta infração, a agência envia dois homens para a Academia Kadic. No decorrer da investigação, os dois agentes encontram a fábrica e o Supercomputador. Oprimidos pela descoberta, eles planejam desligar a máquina para analisar melhor seu funcionamento. Mas, ao mesmo tempo, Xana lança um ataque contra Lyoko. Nossos heróis são forçados a lutar em todas as frentes: no laboratório de informática, para impedir que os agentes desliguem o supercomputador, e em Lyoko, para conter o ataque de Xana…

Aelita não consegue aceitar que o pai se foi. Ela confia em Jeremy, contando-lhe sobre sua obsessão persistente: e se Franz Hopper ainda estiver vivo de alguma forma, em algum lugar de Lyoko? E se houvesse uma maneira de trazê-lo de volta? Mas Jeremy, preocupado com outros problemas, recusa-se a morder: para ele, o pai de Aelita está morto e desaparecido. Decepcionada, Aelita decide teimosamente resolver o problema com as próprias mãos, renunciando à ajuda de Jeremy. Reunindo Odd para a sua causa, ela e Odd vão à fábrica e virtualizam-se no Sector 5. Aelita espera descobrir ali informações sobre o possível paradeiro do seu pai, mas a entrada do par não passa despercebida a Xana, que imediatamente inicia um assalto…

O amigo de Hiroki, Johnny, tem uma queda por Yumi. Tímido e inexperiente com garotas, ele busca conselhos de… Ulrich para conquistá-la. Nosso conselheiro ciumento engana propositalmente o pobre jovem, fazendo-o ficar tenazmente perto de Yumi, alegando que ela acha tal atenção irresistível quando na verdade Yumi não suporta ficar lotada. Johnny inocentemente atende ao conselho de Ulrich com a melhor das intenções, para surpresa e extrema irritação do objeto de sua afeição. Tudo isso seria uma simples anedota inofensiva… até que Xana ataca. Em um cenário Hitchcockiano, todos os pássaros ao redor da Academia Kadic e sua região se voltam contra nossos heróis... e particularmente contra Yumi, incapaz de ajudar Lyoko, já que seu pretendente sombra, Johnny, não a perde de vista. Como tal, a nossa heroína está gravemente ferida. Aelita, Ulrich e Odd devem agir rapidamente para desativar a torre em Lyoko e lançar um “Retorno ao Passado” para salvar seu amigo…

Quando William vê Yumi na rua no meio da noite, sua curiosidade é despertada. Ele está determinado a descobrir o que ela está fazendo! Ele começa a investigar e descobre a fábrica e invade o laboratório de informática onde Jeremy está trabalhando ativamente. Nosso Einstein local prepara imediatamente um “retorno ao passado” para fazer William esquecer sua nova descoberta. Infelizmente, pouco antes de ele poder lançá-la, uma torre é ativada em Lyoko… Xana lançou um ataque e é impossível voltar ao passado antes que a torre seja desativada! Testemunha de todas as atividades secretas de nossos heróis, William acaba ajudando... e provando ser particularmente corajoso e digno. Isto apenas levanta a questão: será agora o momento certo para recrutar um novo guerreiro Lyoko?

Ao retornar de uma missão no Setor 5, Ulrich e Odd são vítimas de um fenômeno peculiar: mesmo estando de volta ao mundo real, acreditam que ainda estão em Lyoko, lutando contra os monstros de Xana. Para eles, o Diretor parece nada mais que um horrível Megatanque que deve ser eliminado; aos olhos deles, Jim, Sissi e os outros alunos são apenas Siriguejos ou Baratas que devem ser exterminados... Jeremy encontra uma maneira de fazer a dupla voltar a si, mas os dois “malucos” foram hospitalizados e tirá-los do hospital será difícil. não será pouca coisa. Para piorar a situação, o tempo está passando enquanto Xana lança um ataque no Setor 5 para destruir o Coração de Lyoko…

Certa manhã, Jeremy percebe que um homem possuído por Xana sabotou o supercomputador. Ele será destruído sem possibilidade de reparo se Jeremy não consertar, e rápido! O jovem segue em direção ao laboratório de informática... mas é encurralado por Jim, que lembra a Jeremy que hoje é o dia da inspeção do dormitório! Jeremy fica pálido: ele não teve absolutamente nenhum tempo ou oportunidade para limpar a zona de desastre de um quarto... e Jim se recusa a deixá-lo ir antes que tudo seja resolvido! Aelita corre para a fábrica em seu lugar para tentar reparar o supercomputador, mas Xana aumenta as apostas ao activar uma torre e enviar um ataque dirigido a Yumi, Odd e Ulrich. Aelita vê-se confrontada com uma missão dupla: deve chegar a Lyoko para desactivar a torre e salvar os seus amigos e reparar o Supercomputador antes que seja tarde demais!

Jeremy acredita que finalmente encontrou uma maneira de materializar seus amigos diretamente no Setor 5. Ulrich é escolhido para ser a cobaia para testá-lo. Tudo começa como planejado até que Jeremy percebe que Ulrich nunca aparece no Setor 5. Ele simplesmente… desapareceu. Uma atmosfera de calamidade e depressão se instala. Na verdade, o que Jeremy e os outros não percebem é que Ulrich apenas perdeu seu “envoltório corporal”: reduzido a um Espectro, incapaz de se comunicar, Ulrich está de fato presente – não em corpo, mas em espírito – mas ele é invisível para seus amigos. A única maneira de Ulrich conseguir se comunicar com os outros e explicar o problema é possuir o corpo de outra pessoa – o que ele faz. Uma vez informado e tranqüilizado, Jeremy começa a programar um aplicativo para caçar o corpo de Ulrich. Mas não é tão fácil... especialmente quando Xana aumenta a aposta iniciando um ataque!

Odd está frustrado: em Lyoko, Ulrich, Aelita e Yumi têm poderes especiais, enquanto ele não tem nada além de seus péssimos dardos laser. Na tentativa de animar seu amigo, Jeremy inventa um novo poder especial só para Odd: Teleportação. Agora, graças a Jeremy, Odd pode se transferir instantaneamente por curtas distâncias no mundo virtual. Mas o programa ainda tem um bug: quando o odd retorna à sala do scanner após o teste inicial, não há apenas UM Odd, mas… Três! Felizmente, Jeremy encontra a solução para o problema: ele deve colocar todas as três Odds nos scanners e “fundi-las” novamente em uma só. Mas isso acaba sendo mais complicado do que ele inicialmente previu: os terríveis trigêmeos não se dão muito bem e se separaram na cidade. E ainda por cima, Xana parte para o ataque…

Nossos heróis estão exaustos e oprimidos. As suas vidas foram assumidas pelo seu trabalho de manter Xana afastado, causando um impacto desastroso nos seus académicos. Notas ruins, convocação para se encontrar com o diretor, liberdade condicional... Jeremy, Odd, Ulrich e Aelita precisam de ajuda e sugerem mais uma vez adicionar William à gangue, mas Yumi recusa categoricamente: ele é muito cabeça quente! Ele apenas colocaria todos eles em risco!… Enquanto isso, Xana inicia um ataque particularmente cruel. Nossos heróis estão prestes a passar por uma aventura muito difícil com um final dramático. A opinião negativa de Yumi sobre William finalmente mudará?

William se juntou à gangue de guerreiros Lyoko. Ele mal pode esperar para entrar em seu primeiro combate e enfrentar Xana e os monstros virtuais! Os outros tentam conter o seu entusiasmo: Xana é um adversário muito mais perigoso do que William pode imaginar. Com isso, cada um deles volta para administrar suas demandas acadêmicas. Mas rapidamente Xana parte para um ataque para acabar com Lyoko de uma vez por todas. Por uma razão ou outra, Jeremy, Odd, Ulrich e Yumi não conseguem deixar a Academia Kadic. Apenas William e Aelita podem ir a Lyoko lutar contra Xana, e assim o fazem. Mas assim que William chega ao Sector 5, deixa que a sua bravata o domine e ignora o conselho de Aelita. Com isso, a dupla se separa e Xana consegue tomar posse do menino. Quando Yumi, Ulrich e Odd finalmente chegam ao Setor 5, eles se deparam com William, que se tornou o general superpoderoso do exército de Xana. Eles devem lutar contra ele para poupar o Coração de Lyoko da destruição certa... será que conseguirão fazer isso antes que seja tarde demais?